Seurat_protocol_4
Load library
library(dplyr)##
## Attaching package: 'dplyr'## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, unionlibrary(Seurat)
library(data.table)##
## Attaching package: 'data.table'## The following objects are masked from 'package:dplyr':
##
## between, first, last# load data from Seurat package
#data(cc.genes)
# segregate this list into markers of G2/M phase and markers of S phase
s.genes <- cc.genes$s.genes
g2m.genes <- cc.genes$g2m.genesLoad the dataset
feature_counts.data <- read.table(file = "/Users/annaasklof/Desktop/Seurat/S/Data/feature_counts.table.tsv",
sep = "\t",
header = TRUE,
quote = "",
stringsAsFactors = FALSE)
dim(x=feature_counts.data)## [1] 58394 743head(x = colnames(x = feature_counts.data))## [1] "Geneid" "Chr" "Start" "End" "Strand" "Length"feature_counts.data## Geneid
## 1 ENSG00000223972
## 2 ENSG00000227232
## 3 ENSG00000278267
## 4 ENSG00000243485
## 5 ENSG00000284332
## 6 ENSG00000237613
## 7 ENSG00000268020
## 8 ENSG00000240361
## 9 ENSG00000186092
## 10 ENSG00000238009
## 11 ENSG00000239945
## 12 ENSG00000233750
## 13 ENSG00000268903
## 14 ENSG00000269981
## 15 ENSG00000239906
## 16 ENSG00000241860
## 17 ENSG00000222623
## 18 ENSG00000241599
## 19 ENSG00000279928
## 20 ENSG00000279457
## 21 ENSG00000273874
## 22 ENSG00000228463
## 23 ENSG00000236679
## 24 ENSG00000236601
## 25 ENSG00000237094
## 26 ENSG00000269732
## 27 ENSG00000284733
## 28 ENSG00000233653
## 29 ENSG00000250575
## 30 ENSG00000278757
## 31 ENSG00000230021
## 32 ENSG00000235146
## 33 ENSG00000225972
## 34 ENSG00000225630
## 35 ENSG00000237973
## 36 ENSG00000278791
## 37 ENSG00000229344
## 38 ENSG00000240409
## 39 ENSG00000248527
## 40 ENSG00000198744
## 41 ENSG00000268663
## 42 ENSG00000284662
## 43 ENSG00000229376
## 44 ENSG00000228327
## 45 ENSG00000223181
## 46 ENSG00000229905
## 47 ENSG00000237491
## 48 ENSG00000230092
## 49 ENSG00000177757
## 50 ENSG00000228794
## 51 ENSG00000225880
## 52 ENSG00000230368
## 53 ENSG00000234711
## 54 ENSG00000283040
## 55 ENSG00000272438
## 56 ENSG00000230699
## 57 ENSG00000241180
## 58 ENSG00000223764
## 59 ENSG00000187634
## 60 ENSG00000188976
## 61 ENSG00000187961
## 62 ENSG00000187583
## 63 ENSG00000187642
## 64 ENSG00000272512
## 65 ENSG00000188290
## 66 ENSG00000187608
## 67 ENSG00000231702
## 68 ENSG00000224969
## 69 ENSG00000188157
## 70 ENSG00000242590
## 71 ENSG00000217801
## 72 ENSG00000273443
## 73 ENSG00000237330
## 74 ENSG00000131591
## 75 ENSG00000223823
## 76 ENSG00000207730
## 77 ENSG00000207607
## 78 ENSG00000198976
## 79 ENSG00000272141
## 80 ENSG00000205231
## 81 ENSG00000162571
## 82 ENSG00000186891
## 83 ENSG00000186827
## 84 ENSG00000078808
## 85 ENSG00000176022
## 86 ENSG00000184163
## 87 ENSG00000260179
## 88 ENSG00000160087
## 89 ENSG00000230415
## 90 ENSG00000162572
## 91 ENSG00000131584
## 92 ENSG00000278073
## 93 ENSG00000169972
## 94 ENSG00000127054
## 95 ENSG00000283712
## 96 ENSG00000240731
## 97 ENSG00000224051
## 98 ENSG00000169962
## 99 ENSG00000107404
## 100 ENSG00000284372
## 101 ENSG00000162576
## 102 ENSG00000175756
## 103 ENSG00000223663
## 104 ENSG00000221978
## 105 ENSG00000224870
## 106 ENSG00000242485
## 107 ENSG00000264293
## 108 ENSG00000272455
## 109 ENSG00000235098
## 110 ENSG00000225905
## 111 ENSG00000205116
## 112 ENSG00000225285
## 113 ENSG00000179403
## 114 ENSG00000215915
## 115 ENSG00000160072
## 116 ENSG00000284740
## 117 ENSG00000197785
## 118 ENSG00000205090
## 119 ENSG00000160075
## 120 ENSG00000215014
## 121 ENSG00000274481
## 122 ENSG00000228594
## 123 ENSG00000272106
## 124 ENSG00000197530
## 125 ENSG00000189409
## 126 ENSG00000248333
## 127 ENSG00000272004
## 128 ENSG00000189339
## 129 ENSG00000269737
## 130 ENSG00000215914
## 131 ENSG00000008128
## 132 ENSG00000268575
## 133 ENSG00000227775
## 134 ENSG00000215790
## Chr
## 1 1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 2 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 3 1
## 4 1;1;1;1;1
## 5 1
## 6 1;1;1;1;1
## 7 1
## 8 1;1;1;1
## 9 1;1;1;1
## 10 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 11 1;1
## 12 1
## 13 1
## 14 1
## 15 1;1
## 16 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 17 1
## 18 1;1
## 19 1;1;1;1;1
## 20 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 21 1
## 22 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 23 1
## 24 1;1;1;1;1;1
## 25 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 26 1
## 27 1
## 28 1;1
## 29 1;1
## 30 1
## 31 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 32 1;1;1;1
## 33 1
## 34 1
## 35 1
## 36 1
## 37 1
## 38 1
## 39 1
## 40 1
## 41 1
## 42 1
## 43 1;1
## 44 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 45 1
## 46 1;1
## 47 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 48 1;1;1;1;1;1;1;1
## 49 1;1
## 50 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 51 1
## 52 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 53 1
## 54 1;1;1;1;1
## 55 1;1
## 56 1;1
## 57 1;1
## 58 1;1;1;1;1;1;1
## 59 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 60 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 61 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 62 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 63 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 64 1
## 65 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 66 1;1;1;1;1;1;1;1
## 67 1
## 68 1;1
## 69 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 70 1;1
## 71 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 72 1;1
## 73 1;1
## 74 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 75 1;1;1
## 76 1
## 77 1
## 78 1
## 79 1
## 80 1;1
## 81 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 82 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 83 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 84 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 85 1
## 86 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 87 1
## 88 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 89 1;1;1;1;1
## 90 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 91 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 92 1
## 93 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 94 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 95 1
## 96 1;1
## 97 1;1;1;1;1;1;1;1
## 98 1;1;1;1;1;1
## 99 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 100 1
## 101 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 102 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
## 103 1
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#Comb
#removeIDs <- function(feauture_counts.data) {
# column_indices_ID <- c()
#for(i in 1:ncol(feature_counts.data)) {
# if(grepl("Ref", colnames(feature_counts.data[i]))) {
# column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
# }
#}
#feature_counts_removedColumns <- c()
#feature_counts_removedColumns <- feature_counts.data[,-column_indices_ID]
#return(feature_counts_removedColumns)
#}
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#head(x = colnames(x = geneInfo_Comb))
#Ref
#removeIDs <- function(feature_counts.data) {
# column_indices_ID <- c()
#
# for(i in 1:ncol(feature_counts.data)) {
# if(grepl("Comb", colnames(feature_counts.data[i]))) {
# column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
# }
# }
# feature_counts_removedColumns <- c()
# feature_counts_removedColumns <- feature_counts.data[,-column_indices_ID]
# return(feature_counts_removedColumns)
#}
#geneInfo_Ref <- removeIDs(feature_counts.data)
#dim(geneInfo_Ref)
#head(x = colnames(x = geneInfo_Ref))
#geneInfo_RefRemove data that is not sc from dataset
removeIDs <- function(feature_counts.data) {
column_indices_ID <- c()
for(i in 1:ncol(feature_counts.data)) {
if(grepl(".dil.", colnames(feature_counts.data[i]))) {
column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
}
if(grepl(".FACS.", colnames(feature_counts.data[i]))) {
column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
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if(grepl(".bulk.", colnames(feature_counts.data[i]))) {
column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
}
}
feature_counts_removedColumns <- c()
feature_counts_removedColumns <- feature_counts.data[,-column_indices_ID]
return(feature_counts_removedColumns)
}
feature_counts_SC <- removeIDs(feature_counts.data)
dim(feature_counts_SC)## [1] 58394 704head(x = colnames(x = feature_counts_SC))## [1] "Geneid" "Chr" "Start" "End" "Strand" "Length"Remove columns that are not of interest from dataset
feature_counts_SC= feature_counts_SC[,-2:-6]
dim(feature_counts_SC)## [1] 58394 699head(x = colnames(x = feature_counts_SC))## [1] "Geneid"
## [2] "Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [3] "Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [4] "Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [5] "Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [6] "Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"head(x = feature_counts_SC)## Geneid Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam
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## 6 0Load file for correct gene names
geneInfoFile <- read.table(file = "/Users/annaasklof/Desktop/Seurat/S/Data/geneInfo.QC.method.seurat.SCORPIUS.tsv",
sep = "\t",
header = TRUE,
quote = "",
stringsAsFactors = FALSE)
#only protein coding genes
geneInfoFile = geneInfoFile[geneInfoFile$gene_biotype == "protein_coding",]
#only genes represented with one unique ensembl ID
tmp = data.frame(table(geneInfoFile$external_gene_name))
tmp = tmp[tmp$Freq ==1, ]
geneInfoFile = geneInfoFile[geneInfoFile$external_gene_name %in% tmp$Var1, ]
dim(x=geneInfoFile)## [1] 19507 19Select relevant columns
geneInfoNames = geneInfoFile %>% select(Geneid, external_gene_name)
head(geneInfoNames)## Geneid external_gene_name
## 1 ENSG00000000003 TSPAN6
## 2 ENSG00000000005 TNMD
## 3 ENSG00000000419 DPM1
## 4 ENSG00000000457 SCYL3
## 5 ENSG00000000460 C1orf112
## 6 ENSG00000000938 FGRdim(x=geneInfoNames)## [1] 19507 2intersect( g2m.genes, geneInfoNames$external_gene_name)## [1] "HMGB2" "CDK1" "NUSAP1" "UBE2C" "BIRC5" "TPX2" "TOP2A"
## [8] "NDC80" "CKS2" "NUF2" "MKI67" "TMPO" "CENPF" "TACC3"
## [15] "FAM64A" "SMC4" "CCNB2" "CKAP2L" "CKAP2" "AURKB" "BUB1"
## [22] "KIF11" "ANP32E" "TUBB4B" "GTSE1" "KIF20B" "HJURP" "CDCA3"
## [29] "HN1" "CDC20" "TTK" "CDC25C" "KIF2C" "RANGAP1" "NCAPD2"
## [36] "DLGAP5" "CDCA2" "CDCA8" "ECT2" "KIF23" "HMMR" "AURKA"
## [43] "PSRC1" "ANLN" "LBR" "CKAP5" "CENPE" "CTCF" "NEK2"
## [50] "G2E3" "GAS2L3" "CBX5" "CENPA"#intersect( s.genes, rownames(geneInfo))Perform inner join
#Comb and Ref
geneInfo = inner_join(geneInfoNames, feature_counts_SC)## Joining, by = "Geneid"intersect( g2m.genes, geneInfo$external_gene_name)## [1] "HMGB2" "CDK1" "NUSAP1" "UBE2C" "BIRC5" "TPX2" "TOP2A"
## [8] "NDC80" "CKS2" "NUF2" "MKI67" "TMPO" "CENPF" "TACC3"
## [15] "FAM64A" "SMC4" "CCNB2" "CKAP2L" "CKAP2" "AURKB" "BUB1"
## [22] "KIF11" "ANP32E" "TUBB4B" "GTSE1" "KIF20B" "HJURP" "CDCA3"
## [29] "HN1" "CDC20" "TTK" "CDC25C" "KIF2C" "RANGAP1" "NCAPD2"
## [36] "DLGAP5" "CDCA2" "CDCA8" "ECT2" "KIF23" "HMMR" "AURKA"
## [43] "PSRC1" "ANLN" "LBR" "CKAP5" "CENPE" "CTCF" "NEK2"
## [50] "G2E3" "GAS2L3" "CBX5" "CENPA"dim(x=geneInfo)## [1] 19507 700Set rownames to correct gene names
#test = data.frame(make.names(geneInfo$Chr, unique =TRUE)
#length(test)
#Comb and Ref
rownames(geneInfo) = geneInfo$external_gene_name
dim(x=geneInfo)## [1] 19507 700head(x = colnames(x = geneInfo))## [1] "Geneid"
## [2] "external_gene_name"
## [3] "Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [4] "Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [5] "Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [6] "Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"Remove columns in order to perform rowSums
geneInfo= geneInfo[,-1:-2]
dim(geneInfo)## [1] 19507 698head(x = colnames(x = geneInfo))## [1] "Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [2] "Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [3] "Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [4] "Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [5] "Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [6] "Comb.0h.sc.A12_S201_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"intersect( g2m.genes, rownames(geneInfo))## [1] "HMGB2" "CDK1" "NUSAP1" "UBE2C" "BIRC5" "TPX2" "TOP2A"
## [8] "NDC80" "CKS2" "NUF2" "MKI67" "TMPO" "CENPF" "TACC3"
## [15] "FAM64A" "SMC4" "CCNB2" "CKAP2L" "CKAP2" "AURKB" "BUB1"
## [22] "KIF11" "ANP32E" "TUBB4B" "GTSE1" "KIF20B" "HJURP" "CDCA3"
## [29] "HN1" "CDC20" "TTK" "CDC25C" "KIF2C" "RANGAP1" "NCAPD2"
## [36] "DLGAP5" "CDCA2" "CDCA8" "ECT2" "KIF23" "HMMR" "AURKA"
## [43] "PSRC1" "ANLN" "LBR" "CKAP5" "CENPE" "CTCF" "NEK2"
## [50] "G2E3" "GAS2L3" "CBX5" "CENPA"Remove genes that are not expressed
#rowSums(geneInfo)
keep <- rowSums(geneInfo)>1
geneInfo <- geneInfo[keep,]
dim(geneInfo)## [1] 16402 698intersect( g2m.genes, rownames(geneInfo))## [1] "HMGB2" "CDK1" "NUSAP1" "UBE2C" "BIRC5" "TPX2" "TOP2A"
## [8] "NDC80" "CKS2" "NUF2" "MKI67" "TMPO" "CENPF" "TACC3"
## [15] "FAM64A" "SMC4" "CCNB2" "CKAP2L" "CKAP2" "AURKB" "BUB1"
## [22] "KIF11" "ANP32E" "TUBB4B" "GTSE1" "KIF20B" "HJURP" "CDCA3"
## [29] "HN1" "CDC20" "TTK" "CDC25C" "KIF2C" "RANGAP1" "NCAPD2"
## [36] "DLGAP5" "CDCA2" "CDCA8" "ECT2" "KIF23" "HMMR" "AURKA"
## [43] "PSRC1" "ANLN" "LBR" "CKAP5" "CENPE" "CTCF" "NEK2"
## [50] "G2E3" "GAS2L3" "CBX5" "CENPA"Separate Comb and Ref
#Comb
removeIDs <- function(geneInfo) {
column_indices_ID <- c()
for(i in 1:ncol(geneInfo)) {
if(grepl("Ref", colnames(geneInfo[i]))) {
column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
}
}
feature_counts_removedColumns <- c()
feature_counts_removedColumns <- geneInfo[,-column_indices_ID]
return(feature_counts_removedColumns)
}
geneInfo_Comb <- removeIDs(geneInfo)
dim(geneInfo_Comb)## [1] 16402 516head(x = colnames(x = geneInfo_Comb))## [1] "Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [2] "Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [3] "Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [4] "Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [5] "Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [6] "Comb.0h.sc.A12_S201_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"#Ref
removeIDs <- function(geneInfo) {
column_indices_ID <- c()
for(i in 1:ncol(geneInfo)) {
if(grepl("Comb", colnames(geneInfo[i]))) {
column_indices_ID <- c(column_indices_ID, i)
}
}
feature_counts_removedColumns <- c()
feature_counts_removedColumns <- geneInfo[,-column_indices_ID]
return(feature_counts_removedColumns)
}
geneInfo_Ref <- removeIDs(geneInfo)
dim(geneInfo_Ref)## [1] 16402 182head(x = colnames(x = geneInfo_Ref))## [1] "Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [2] "Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [3] "Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [4] "Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [5] "Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam"
## [6] "Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam"Create a Seurat object out of the table
#Comb and Ref
#feature_counts_seurat <- CreateSeuratObject(counts = geneInfo, min.cells = 3)
#feature_counts_seurat
#feature_counts_seurat <- NormalizeData(object = feature_counts_seurat)
#feature_counts_seurat <- FindVariableFeatures(object = feature_counts_seurat, selection.method = "vst")
#feature_counts_seurat <- ScaleData(feature_counts_seurat, features = rownames(feature_counts_seurat))
#feature_counts_seurat <- RunPCA(object = feature_counts_seurat)
#DimHeatmap(feature_counts_seurat)
# Comb
feature_counts_seurat_Comb <- CreateSeuratObject(counts = geneInfo_Comb, min.cells = 3)
feature_counts_seurat_Comb## An object of class Seurat
## 15127 features across 516 samples within 1 assay
## Active assay: RNA (15127 features)feature_counts_seurat_Comb <- NormalizeData(object = feature_counts_seurat_Comb)
feature_counts_seurat_Comb <- FindVariableFeatures(object = feature_counts_seurat_Comb, selection.method = "vst")
feature_counts_seurat_Comb <- ScaleData(feature_counts_seurat_Comb, features = rownames(feature_counts_seurat_Comb))## Centering and scaling data matrixfeature_counts_seurat_Comb <- RunPCA(object = feature_counts_seurat_Comb)## PC_ 1
## Positive: TDGF1, AK4, VCAN, RND3, FLT1, SLIT2, CCND2, UGP2, SLC39A14, ST6GAL2
## SOCS2, DUSP6, GCNT4, DDAH1, ITPR2, IQGAP2, MARS, TM4SF18, PHLDA1, KDR
## DLGAP5, HMGCS1, SEC24D, SERPINB9, DSE, HMMR, AFF3, TBX15, LMO3, EXPH5
## Negative: ZEB2, FEZF1, PRTG, GREB1L, EFNA5, ATP1A2, SHISA2, OTX2, FZD5, IGFBP5
## SESN3, MAP2, EPHA4, NRP2, MAPK10, CNTNAP2, EGR1, RHOU, SYT6, ABCA1
## SETBP1, DRAXIN, CYP26A1, FRZB, MICAL2, TXNIP, PRSS23, ZFHX4, WLS, SEMA3E
## PC_ 2
## Positive: TOP2A, MKI67, KIF11, TPX2, KIF14, AURKA, ASPM, CENPF, DLGAP5, KIF2C
## DEPDC1, KIF23, NUSAP1, SGOL2, HMMR, UBE2C, CENPE, NCAPG, TRIM59, KPNA2
## BUB1, CCNB1, PRC1, ECT2, PLK1, CKAP5, RHOU, NSD1, KIF20A, ARL6IP1
## Negative: NFE2, SERPINB9, CPXM2, TTC21A, MCM6, ZNF623, ARRDC4, HS3ST1, CIITA, LYPD6
## CD48, RCBTB1, KREMEN1, ZNF605, FAM111B, DTL, GABRP, UPB1, C12orf39, SGK1
## TRIM17, CARM1, TMEM213, FAXC, DDX60L, ZNF157, TMEM64, ARSI, MCTP2, JAK2
## PC_ 3
## Positive: MCM6, DTL, IVNS1ABP, MSH6, CCND2, NT5DC3, BRCA1, ST6GAL2, BLM, ZNF704
## DDX28, EXO1, HMCN1, FAM111B, PTPRK, JAZF1, NUP160, NSD1, TENM3, SLFN12
## USP9X, EML1, DUSP6, HDX, RORB, CNKSR2, AK4, NUP153, NFIA, EXT2
## Negative: TOB1, ARRDC3, HMMR, CENPF, TPX2, CENPE, DHRS3, SGOL2, NUSAP1, PLK1
## DLGAP5, BUB1, AURKA, TOP2A, ASPM, ABCA1, CD48, CCNB1, TRIM59, KIF14
## ECT2, MKI67, PRICKLE1, UBE2C, CFTR, SERPINB9, KIF2C, FAM83D, KIF20A, ZNF165
## PC_ 4
## Positive: SHISA2, ZNF805, DUSP6, SEMA3A, OXGR1, SORBS2, TCTN3, LMO3, KHNYN, SLFN12
## EPHA4, FASTKD2, FZD5, KDR, PRR26, ENC1, KIF20A, RHOU, IFT172, TMPRSS13
## ZFHX4, RCHY1, LIX1, RP11-10J21.3, RALGPS1, SLIT2, CCNB1, C10orf11, TMEM154, NXPE3
## Negative: EFNA1, MARCH9, SERPINB9, DHRS3, MOV10L1, PPP1R13B, LAMA4, TOB1, CPXM2, PLEKHG4
## PRICKLE1, ARRDC3, IL11, RASGRF2, BAI3, LRRC20, PRELP, C1QTNF2, TRIM4, H2AFJ
## RORB, ADCK1, CHST10, BRCA1, F2RL1, CLIC5, GBE1, PARP9, RNF128, CDC45
## PC_ 5
## Positive: MDM2, NCAPG, PRDM1, BLM, BTG2, POLA2, MKI67, THAP6, PVRL4, IL1RAPL1
## EXO1, DNA2, TOP2A, SCUBE3, ASPM, WDR19, COG4, INTS5, SPP1, DHX32
## MAPK10, ZNF266, KIF14, SLC8A1, MTBP, LIX1, UBASH3B, LYPD6, PPP2R1B, DRAXIN
## Negative: ADAMTS2, GORASP1, TMEM169, CTC-534A2.2, PNMA1, HAVCR2, MVP, AMER3, DUSP13, IFT172
## ZNF607, ZNF547, PLXDC1, ZNF805, GNA14, ZBTB39, DFNB59, SPTBN4, ZNF350, OXCT1
## RP11-10J21.3, C10orf11, ZNF777, CYP7B1, PRR26, KHNYN, ZNF816, TMEM64, ZNF19, SPATA12DimHeatmap(feature_counts_seurat_Comb)
#Ref
feature_counts_seurat_Ref <- CreateSeuratObject(counts = geneInfo_Ref, min.cells = 3)
feature_counts_seurat_Ref## An object of class Seurat
## 14066 features across 182 samples within 1 assay
## Active assay: RNA (14066 features)feature_counts_seurat_Ref <- NormalizeData(object = feature_counts_seurat_Ref)
feature_counts_seurat_Ref <- FindVariableFeatures(object = feature_counts_seurat_Ref, selection.method = "vst")
feature_counts_seurat_Ref <- ScaleData(feature_counts_seurat_Ref, features = rownames(feature_counts_seurat_Ref))## Centering and scaling data matrixfeature_counts_seurat_Ref <- RunPCA(object = feature_counts_seurat_Ref)## PC_ 1
## Positive: ARL6IP1, HMGCR, MELK, CCNB1, CDK1, KPNA2, PCK2, GPC3, ZC3H14, UBE2C
## LDHA, HJURP, VAT1L, ILVBL, FEZ1, CDCA8, NDC80, TOP2A, ZNF678, SC5D
## HIST1H4C, NCAPD2, AASS, PLK1, TRIM22, IFNGR1, NCAPG, FOCAD, PTAR1, TSC22D3
## Negative: SHISA2, PTPRH, HSF4, OXGR1, EPM2AIP1, SEMA3E, APOL3, TIMP3, TNFAIP8L3, LRRTM1
## PAG1, RASSF5, REL, TNFSF4, BTN3A1, SLC5A5, ZNF234, FGR, REEP1, MTUS2
## NKX3-1, SLC1A4, TMEM65, C5orf54, ARRDC4, MYOF, ANKH, CD22, CEACAM1, RCAN2
## PC_ 2
## Positive: KLK5, PROX1, SLC17A7, CAMK1G, LIX1, FCER2, PDE3A, CAPN10, TGM1, SSUH2
## SLC5A12, SLC13A4, UNC5CL, PGBD4, NCEH1, RNF182, TNFRSF14, NCOA6, FAM83B, RNF207
## RHCG, DIRC3, ACOT11, ZSWIM3, CRAT, CAT, COLCA1, PPP1R21, TBC1D32, PLCG2
## Negative: DUSP6, PLK1, CKAP2L, NCKAP1, RAMP3, CPNE2, UBE2C, NCAPD2, CLEC14A, ZNF175
## TMEM44, CDC20, SCFD2, ANO2, TPX2, NCAM1, FLT3, ZNF554, C3orf65, CDCA8
## ZNF197, RHOBTB1, MEIOB, PDE4B, SLC4A4, MGAT5B, THSD1, FAM83D, ZNF507, CCNB2
## PC_ 3
## Positive: KLK5, SLC17A7, FCER2, FAM83B, CAPN10, ACOT11, TGM1, PGBD4, LIX1, SSUH2
## ZSWIM3, TNFRSF14, RHCG, DOCK2, GRHL1, PROX1, SLC13A4, HFM1, CCDC69, LRCH2
## ZBTB33, ZNF841, TM4SF1, PDE3A, COLCA1, KANSL3, PLCG2, CCDC15, RNF207, DIRC3
## Negative: KLRB1, PARP3, ICAM5, HMX3, HEPHL1, F2RL2, FITM1, SLC4A10, ACKR3, TAS2R31
## KIAA1549L, ARHGAP36, RGS6, ACSM1, PRR15L, TDRD12, NFIL3, NFATC2, CHRNB2, SMARCA2
## DNAJA4, CLVS2, BAIAP3, PCDP1, MEDAG, IL1RAP, ZNF527, EDA, C20orf194, CASP9
## PC_ 4
## Positive: SMARCD3, ATP6AP1L, ZNF175, ANO2, CLEC14A, C3orf65, MGAT5B, KCNE3, RAMP3, FLT3
## THSD1, SLC4A4, SMOC2, DLL1, BEST2, HFE2, ZNF554, AMIGO2, MEIOB, AXIN2
## ZNF285, NCAM1, TNFRSF25, ADRB2, HMX3, PARP3, ICAM5, KLRB1, ZNF230, FITM1
## Negative: ARMC12, C10orf25, AGTR1, CXCR4, C1orf177, TACR1, AC137932.1, PROKR1, ZNF572, NAT2
## ENTHD2, TECTA, IFI30, EMILIN3, NKAIN3, RASEF, TEC, SCN3B, WTIP, UCMA
## FGF23, SMAP2, KCND2, GPR137B, DPPA2, COL12A1, ZNF624, DYRK3, PTGES, NOS1
## PC_ 5
## Positive: FAM133A, FLT3, SGPP1, ZRANB1, TACR1, C10orf25, AGTR1, CXCR4, C1orf177, IFI30
## AC137932.1, PROKR1, ENTHD2, FGF23, UCMA, ZNF572, ZNF175, ARMC12, TECTA, CLEC14A
## ANO2, KCNE3, RAMP3, MGAT5B, GPC5, AC110792.1, SCN3B, LEKR1, TYRP1, MEIOB
## Negative: CNTN2, GINS3, GDF15, TMEM194B, GRHL3, DAW1, RGAG1, KDM6A, RFX4, KRT16
## HHAT, SLCO2A1, ZNF256, KCNIP3, GRM8, BLOC1S3, CDKN1A, KBTBD2, EXT1, DEPTOR
## TFCP2L1, CPEB1, C16orf70, HIST1H4C, RIC8B, ADPRH, EFCAB12, KATNAL1, POU5F1B, MRAP2DimHeatmap(feature_counts_seurat_Ref)
Assign cell-cycle scores
s.genes## [1] "MCM5" "PCNA" "TYMS" "FEN1" "MCM2" "MCM4"
## [7] "RRM1" "UNG" "GINS2" "MCM6" "CDCA7" "DTL"
## [13] "PRIM1" "UHRF1" "MLF1IP" "HELLS" "RFC2" "RPA2"
## [19] "NASP" "RAD51AP1" "GMNN" "WDR76" "SLBP" "CCNE2"
## [25] "UBR7" "POLD3" "MSH2" "ATAD2" "RAD51" "RRM2"
## [31] "CDC45" "CDC6" "EXO1" "TIPIN" "DSCC1" "BLM"
## [37] "CASP8AP2" "USP1" "CLSPN" "POLA1" "CHAF1B" "BRIP1"
## [43] "E2F8"#Comb and Ref
#intersect( g2m.genes, rownames(geneInfo$external_gene_name))
#intersect( s.genes, rownames(geneInfo))
#feature_counts_seurat <- CellCycleScoring(feature_counts_seurat, s.features = s.genes, g2m.features = g2m.genes, set.ident = TRUE)
#feature_counts_seurat@meta.data
#head(x = colnames(x = feature_counts_seurat))
#RidgePlot(feature_counts_seurat, features = c("PCNA", "TOP2A", "MCM6", "MKI67"), ncol = 2)
#feature_counts_seurat <- RunPCA(feature_counts_seurat, features = c(s.genes, g2m.genes))
#DimPlot(feature_counts_seurat)
# Comb
intersect( g2m.genes, rownames(geneInfo_Comb$external_gene_name))## NULLintersect( s.genes, rownames(geneInfo_Comb))## [1] "MCM5" "PCNA" "TYMS" "FEN1" "MCM2" "MCM4"
## [7] "RRM1" "UNG" "GINS2" "MCM6" "CDCA7" "DTL"
## [13] "PRIM1" "HELLS" "RFC2" "RPA2" "NASP" "RAD51AP1"
## [19] "GMNN" "WDR76" "SLBP" "CCNE2" "UBR7" "POLD3"
## [25] "MSH2" "ATAD2" "RAD51" "RRM2" "CDC45" "CDC6"
## [31] "EXO1" "TIPIN" "DSCC1" "BLM" "USP1" "CLSPN"
## [37] "POLA1" "CHAF1B" "BRIP1" "E2F8"feature_counts_seurat_Comb <- CellCycleScoring(feature_counts_seurat_Comb, s.features = s.genes, g2m.features = g2m.genes, set.ident = TRUE)## Warning: The following features are not present in the object: UHRF1, MLF1IP,
## CASP8AP2, not searching for symbol synonyms## Warning: The following features are not present in the object: CKS1B, not
## searching for symbol synonyms#feature_counts_seurat_Comb@meta.data
#head(x = colnames(x = feature_counts_seurat_Comb))
feature_counts_seurat_Comb <- RunPCA(feature_counts_seurat_Comb, features = c(s.genes, g2m.genes))## Warning in PrepDR(object = object, features = features, verbose = verbose): The
## following 4 features requested have not been scaled (running reduction without
## them): UHRF1, MLF1IP, CASP8AP2, CKS1B## Warning in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...): You're computing too large
## a percentage of total singular values, use a standard svd instead.## PC_ 1
## Positive: TOP2A, MKI67, NUF2, TPX2, DLGAP5, HMMR, AURKA, HMGB2, CENPE, CENPF
## NUSAP1, UBE2C, KIF2C, KIF11, BIRC5, KIF23, ANLN, ECT2, CDC20, BUB1
## CKAP2, NDC80, CCNB2, GAS2L3, TTK, CDCA8, CKAP5, LBR, TUBB4B, CENPA
## Negative: MCM6, WDR76, DTL, HELLS, CDC6, MCM5, UNG, MCM4, GINS2, CDCA7
## ATAD2, CCNE2, DSCC1, RFC2, NASP, TIPIN, RAD51, CLSPN, SLBP, CHAF1B
## MCM2, CDC45, E2F8, POLD3, EXO1, PRIM1, PCNA, BLM, FEN1, BRIP1
## PC_ 2
## Positive: G2E3, CDC20, CCNB2, HMMR, CENPA, CKS2, GAS2L3, LBR, PSRC1, DLGAP5
## CKAP5, CENPE, UBE2C, TUBB4B, TPX2, HN1, ECT2, NEK2, CENPF, CDC25C
## AURKA, CDCA2, BIRC5, RANGAP1, CDCA8, AURKB, KIF2C, GTSE1, BUB1, TTK
## Negative: MCM4, HELLS, USP1, BLM, DTL, POLD3, CLSPN, MSH2, WDR76, MCM6
## EXO1, CDC6, RPA2, NASP, BRIP1, MCM5, ATAD2, GMNN, RRM1, TMPO
## RRM2, UNG, TYMS, POLA1, CDCA7, RAD51AP1, SMC4, GINS2, FEN1, CBX5
## PC_ 3
## Positive: HJURP, CBX5, CDCA2, CKAP2, KIF23, CDK1, G2E3, KIF11, BLM, KIF2C
## CKAP2L, RAD51AP1, AURKA, TOP2A, CDCA8, RFC2, MKI67, NDC80, E2F8, PSRC1
## UBR7, POLD3, TTK, FEN1, EXO1, RPA2, TYMS, CENPF, GTSE1, CLSPN
## Negative: BIRC5, LBR, TUBB4B, CDCA7, HMGB2, DSCC1, NASP, ANP32E, CDC20, CKAP5
## PCNA, HMMR, NCAPD2, MCM6, TMPO, NEK2, CTCF, CKS2, MCM4, DLGAP5
## MCM2, ATAD2, ANLN, SMC4, AURKB, MSH2, RANGAP1, CCNB2, DTL, CCNE2
## PC_ 4
## Positive: CKS2, PCNA, TUBB4B, UBE2C, CENPA, NDC80, GMNN, RRM2, KIF2C, HJURP
## CDCA7, RANGAP1, E2F8, CDK1, KIF23, BLM, NEK2, GINS2, EXO1, G2E3
## KIF20B, DTL, DSCC1, CDC6, ECT2, CDCA8, POLD3, CDC20, TIPIN, WDR76
## Negative: ANP32E, CBX5, NCAPD2, BUB1, TACC3, FEN1, RPA2, NUSAP1, CENPF, ANLN
## TMPO, CKAP5, RAD51AP1, TPX2, BIRC5, PRIM1, HELLS, UBR7, MCM2, DLGAP5
## CLSPN, CDCA3, USP1, GTSE1, LBR, TOP2A, FAM64A, RFC2, CHAF1B, MKI67
## PC_ 5
## Positive: NASP, KIF20B, GMNN, CLSPN, HMMR, SMC4, CCNE2, FEN1, E2F8, CENPF
## CENPE, CDC25C, KIF2C, BUB1, RFC2, MKI67, PCNA, HELLS, RAD51, RAD51AP1
## TACC3, BRIP1, HMGB2, EXO1, DLGAP5, TOP2A, RRM1, BLM, TPX2, NEK2
## Negative: TMPO, POLA1, CDC6, GAS2L3, RPA2, G2E3, HN1, CENPA, TTK, MCM5
## CTCF, ANP32E, GINS2, MCM2, CDCA2, CBX5, AURKB, CDK1, MSH2, FAM64A
## TIPIN, UNG, DTL, CDCA3, CCNB2, MCM6, RRM2, UBE2C, KIF23, CKS2DimPlot(feature_counts_seurat_Comb)
#Ref
intersect( g2m.genes, rownames(geneInfo_Ref$external_gene_name))## NULLintersect( s.genes, rownames(geneInfo_Ref))## [1] "MCM5" "PCNA" "TYMS" "FEN1" "MCM2" "MCM4"
## [7] "RRM1" "UNG" "GINS2" "MCM6" "CDCA7" "DTL"
## [13] "PRIM1" "HELLS" "RFC2" "RPA2" "NASP" "RAD51AP1"
## [19] "GMNN" "WDR76" "SLBP" "CCNE2" "UBR7" "POLD3"
## [25] "MSH2" "ATAD2" "RAD51" "RRM2" "CDC45" "CDC6"
## [31] "EXO1" "TIPIN" "DSCC1" "BLM" "USP1" "CLSPN"
## [37] "POLA1" "CHAF1B" "BRIP1" "E2F8"feature_counts_seurat_Ref <- CellCycleScoring(feature_counts_seurat_Ref, s.features = s.genes, g2m.features = g2m.genes, set.ident = TRUE)## Warning: The following features are not present in the object: UHRF1, MLF1IP,
## CASP8AP2, not searching for symbol synonyms## Warning: The following features are not present in the object: CKS1B, not
## searching for symbol synonymsfeature_counts_seurat_Ref@meta.data## orig.ident nCount_RNA
## Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10 704
## Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10 727
## Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11 278765
## Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11 281526
## Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12 416936
## Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12 421198
## Ref.0h.sc.A2_S217_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A2 463
## Ref.0h.sc.A2_S217_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A2 454
## Ref.0h.sc.A3_S225_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A3 381493
## Ref.0h.sc.A3_S225_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A3 385923
## Ref.0h.sc.A4_S233_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A4 754
## Ref.0h.sc.A4_S233_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A4 714
## Ref.0h.sc.A5_S241_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A5 306709
## Ref.0h.sc.A5_S241_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A5 308734
## Ref.0h.sc.A6_S249_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A6 319373
## Ref.0h.sc.A6_S249_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A6 313647
## Ref.0h.sc.A7_S257_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A7 750
## Ref.0h.sc.A7_S257_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A7 748
## Ref.0h.sc.A8_S265_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A8 259
## Ref.0h.sc.A8_S265_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A8 262
## Ref.0h.sc.A9_S273_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A9 502
## Ref.0h.sc.A9_S273_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A9 550
## Ref.0h.sc.B10_S282_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B10 263070
## Ref.0h.sc.B10_S282_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B10 264757
## Ref.0h.sc.B11_S290_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B11 281880
## Ref.0h.sc.B11_S290_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B11 282570
## Ref.0h.sc.B12_S298_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B12 459750
## Ref.0h.sc.B12_S298_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B12 466673
## Ref.0h.sc.B2_S218_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B2 260973
## Ref.0h.sc.B2_S218_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B2 248019
## Ref.0h.sc.B3_S226_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B3 252127
## Ref.0h.sc.B3_S226_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B3 241436
## Ref.0h.sc.B4_S234_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B4 253263
## Ref.0h.sc.B4_S234_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.B4 252752
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## Ref.0h.sc.H8_S272_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.H8
## Ref.0h.sc.H9_S280_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.H9
## Ref.0h.sc.H9_S280_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.H9#head(x = colnames(x = feature_counts_seurat_Ref))
feature_counts_seurat <- RunPCA(feature_counts_seurat_Ref, features = c(s.genes, g2m.genes))## Warning in PrepDR(object = object, features = features, verbose = verbose): The
## following 4 features requested have not been scaled (running reduction without
## them): UHRF1, MLF1IP, CASP8AP2, CKS1B## Warning in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...): You're computing too large
## a percentage of total singular values, use a standard svd instead.## PC_ 1
## Positive: CKS2, HN1, CDK1, HMGB2, TUBB4B, UBE2C, HJURP, AURKB, TOP2A, G2E3
## BIRC5, CDCA8, MSH2, TYMS, DSCC1, KIF23, NCAPD2, GMNN, RRM1, PSRC1
## ANLN, NDC80, CDC20, RFC2, FEN1, TMPO, NUF2, TPX2, RAD51, RRM2
## Negative: CTCF, CBX5, BRIP1, CCNE2, HELLS, CLSPN, UBR7, USP1, TIPIN, CDC45
## WDR76, MKI67, MCM2, CENPF, EXO1, E2F8, POLA1, CENPA, GAS2L3, CENPE
## DTL, ANP32E, CDCA3, ATAD2, KIF11, NASP, DLGAP5, CKAP2, POLD3, CHAF1B
## PC_ 2
## Positive: CKAP2L, AURKA, UBE2C, GTSE1, TPX2, CDC20, DLGAP5, CKS2, HMMR, PSRC1
## NUSAP1, KIF23, CDCA8, KIF2C, AURKB, NEK2, NUF2, CCNB2, BUB1, TACC3
## CENPE, CENPF, CDCA3, TOP2A, MKI67, CKAP5, RANGAP1, LBR, TTK, G2E3
## Negative: UNG, MCM5, DTL, MCM6, MCM4, PCNA, WDR76, CHAF1B, EXO1, GINS2
## CDC6, UBR7, MCM2, ATAD2, RRM2, RAD51, POLD3, BLM, E2F8, RFC2
## CCNE2, USP1, CDCA7, RPA2, BRIP1, RRM1, FEN1, CDC45, CLSPN, DSCC1
## PC_ 3
## Positive: CDK1, CDC45, GTSE1, SMC4, CDCA2, TTK, HJURP, KIF23, TOP2A, E2F8
## NEK2, CDC6, POLD3, AURKA, NDC80, ANLN, FEN1, GMNN, TYMS, NCAPD2
## BLM, KIF2C, PSRC1, G2E3, RAD51AP1, CDCA8, CDCA3, TACC3, CBX5, RRM2
## Negative: CDC20, CCNB2, HN1, ANP32E, BIRC5, NUSAP1, SLBP, HMMR, HMGB2, CDCA7
## CKAP5, DLGAP5, TIPIN, NUF2, ECT2, CKS2, BUB1, TPX2, CENPF, USP1
## UBR7, RRM1, PRIM1, FAM64A, CENPE, MSH2, LBR, WDR76, GINS2, AURKB
## PC_ 4
## Positive: POLA1, MKI67, RANGAP1, ATAD2, HELLS, DLGAP5, EXO1, RPA2, CENPF, DTL
## CLSPN, CDCA7, DSCC1, CDCA3, KIF23, GINS2, NUF2, HMMR, BLM, RAD51
## NDC80, RRM2, HJURP, CDCA8, MCM6, CDC25C, G2E3, ANLN, GAS2L3, FEN1
## Negative: CBX5, FAM64A, TMPO, USP1, NASP, NEK2, PCNA, CKAP2, MSH2, CCNE2
## BIRC5, ANP32E, BUB1, TIPIN, BRIP1, MCM2, TYMS, MCM4, LBR, CENPA
## NCAPD2, SMC4, GTSE1, UBR7, CKS2, HMGB2, CDC6, KIF20B, MCM5, CDCA2
## PC_ 5
## Positive: USP1, CLSPN, KIF20B, KIF2C, NASP, CENPF, CENPA, TOP2A, UBR7, NDC80
## HMGB2, BRIP1, WDR76, MKI67, POLA1, HJURP, ECT2, ATAD2, CBX5, CKAP2L
## ANLN, MCM5, DTL, DSCC1, BLM, KIF23, UBE2C, KIF11, BIRC5, CDC25C
## Negative: CDC45, DLGAP5, PRIM1, SLBP, TUBB4B, GINS2, CDC6, CCNB2, UNG, TIPIN
## NEK2, AURKA, EXO1, HN1, SMC4, RRM2, RAD51, RAD51AP1, HMMR, NCAPD2
## TTK, CDCA8, LBR, FEN1, TMPO, CKAP2, TPX2, HELLS, ANP32E, GAS2L3DimPlot(feature_counts_seurat_Ref)
summary(feature_counts_seurat_Ref)## Length Class Mode
## 1 Seurat S4feature_counts_seurat_Ref@assays$RNA## Assay data with 14066 features for 182 cells
## Top 10 variable features:
## SERPINB9, CTGF, CREBRF, GDF15, UBE2C, ZNF823, KPNA2, TOP2A, TGFBI,
## ZNF577#Convert Seuratobject to dataframe
#Convert Seuratobject to dataframe
RefmetaData = feature_counts_seurat_Ref@meta.data
class(RefmetaData)## [1] "data.frame"head(RefmetaData)## orig.ident nCount_RNA
## Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10 704
## Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10 727
## Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11 278765
## Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11 281526
## Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12 416936
## Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12 421198
## nFeature_RNA S.Score
## Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 489 -0.02488587
## Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 501 -0.02495566
## Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 6897 -0.15520088
## Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 6899 -0.15389077
## Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 7291 0.21352160
## Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 7350 0.20487478
## G2M.Score Phase
## Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.11888862 G2M
## Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.06642023 G2M
## Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.01807611 G2M
## Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.01700124 G2M
## Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam -0.21113579 S
## Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam -0.21072951 S
## old.ident
## Ref.0h.sc.A10_S281_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10
## Ref.0h.sc.A10_S281_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A10
## Ref.0h.sc.A11_S289_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11
## Ref.0h.sc.A11_S289_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A11
## Ref.0h.sc.A12_S297_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12
## Ref.0h.sc.A12_S297_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam Ref.0h.sc.A12CombmetaData = feature_counts_seurat_Comb@meta.data
class(CombmetaData)## [1] "data.frame"head(CombmetaData)## orig.ident nCount_RNA
## Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 181992
## Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 185179
## Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 177034
## Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 182073
## Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 105906
## Comb.0h.sc.A12_S201_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject 109468
## nFeature_RNA S.Score
## Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 5743 0.02695726
## Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 5796 0.01874304
## Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 6227 0.20931886
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## Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.04183987 G2M
## Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.04792469 G2M
## Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam -0.08217746 S
## Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam -0.06595638 S
## Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam -0.01599558 S
## Comb.0h.sc.A12_S201_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam 0.02110706 S
## old.ident
## Comb.0h.sc.A10_S185_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject
## Comb.0h.sc.A10_S185_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject
## Comb.0h.sc.A11_S193_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject
## Comb.0h.sc.A11_S193_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject
## Comb.0h.sc.A12_S201_L007_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProject
## Comb.0h.sc.A12_S201_L008_R1_001.Aligned.out_unique.bam SeuratProjectComparing Comb and Ref prediction
#Select relevant columns
#Ref = RefmetaData %>% select(Phase)
#head(Ref)
#dim(x=Ref)
#Comb = CombmetaData %>% select(Phase)
#rownames(Comb) = Comb$sample
#dim(x=Comb)
#head(Comb)
#Comb$Reference = Ref
#rownames(Comb) <- c()
#intersect
#intersect(Ref, rownames(Comb))
#head(Comb)
#Perform a join
#Result = full_join(Comb, Ref)
#intersect( g2m.genes, geneInfo$external_gene_name)
#head(Result)
#dim(x=Result)
#cbind
#result = append(Comb,Ref)
#head(result)
#Result = Comb$Phase
#head(Result)
#Result = cbind(Comb, Ref)